本发明公开了一种重组双碱性内肽酶和羧肽酶B的融合表达方法，该融合表达方法使用的结构为：重组双碱性内肽酶截断体‑连接肽‑羧肽酶B蛋白酶原，该融合表达方法使用的结构的氨基酸序列为SEQ ID NO.2。本发明将Kex2蛋白酶和CPB蛋白酶原基因串联整合在工程菌中，一次发酵可同时生产Kex2蛋白酶和CPB蛋白酶原，大大缩短蛋白酶的生产周期，在重组蛋白类药物的生产具有很大应用前景，并且使用酵母作为宿主菌，避免了大肠杆菌易形成包涵体、内毒素、易染噬菌体等缺陷。