本发明公开了一种高耐磨抗菌防污复合纱线及其制备方法，属于复合纱线加工技术领域，用于解决现有技术中的棉纤维纺织纱线的力学性能差、抗污性能差及抗菌效果有限，在经过多次干洗后，棉纤维纺织材料的抗菌率快速下降，抗菌率保有量低的技术问题；该复合纱线由复合石墨烯对预处理改性得到的改性棉纤维进行修饰改性，制备成复合棉纤维，通过纺纱机对复合棉纤维进行纺纱，本发明是对棉纤维进行改性后制备成纱线，再对纱线进行浸渍改性，不仅有效的提高了复合纱线的疏水抗油污性能与抑菌效果，还有效的提高了复合纱线的力学性能与耐磨性能，使其拓宽了棉纤维复合纱线的应用范围。