本发明公开一种分段式智能电能表计量误差动态补偿方法及系统，该方法步骤包括：通过预实验测量出不同通电时间下智能电能表的计量误差值；按照指定步长将通电时间分段，选取出每个时间段内阶段性热平衡时智能电能表产生的最大计量误差值，根据各时间段对应的最大计量误差计算在通电时间内通最大电流时智能电能表的计量误差变化值，根据计量误差变化值以及功率因素权重计算智能电能表的计量误差补偿值；实时采集智能电能表的运行温度，根据实时运行温度以及所述计量误差补偿值调整智能电能表的基准电压，以实现智能电能表计量误差的动态补偿。本发明能够实现对大电流工况下智能电能表长时间运行产生的计量误差的精准动态补偿。