本发明公开了一种用于流域治理的初雨截污系统及调蓄回用方法，包括引流渠、调蓄池和截污系统，所述调蓄池建设在流域岸边并设于引流渠的终端处，所述引流渠与调蓄池之间设置有调蓄井，所述引流渠与调蓄井之间设置有导流渠，所述调蓄井上安装有提升泵和回用泵，所述提升泵将调蓄井内的水泵出，所述回用泵将调蓄池内的水泵出，所述调蓄池朝向流域的一侧设置有泄洪闸，所述引流渠包括有引流前段和引流后段，所述引流前段和引流后段连接处的一侧开设有引流口。实现初期雨水和后期雨水分流处理，对污染负荷浓度较高的初期雨水进行截流处理，有效减少初期雨水对河道的污染，进行雨水回收利用，对雨水径流进行调蓄。