本发明涉及一种低轨卫星的星载原子钟向UTC(k)的溯源方法及系统，属于卫星技术领域。系统包括星载原子钟、GNSS接收模块、星钟控制模块和星载数据处理模块；方法包括低轨卫星的GNSS接收模块从多个地面GNSS观测站以及GNSS导航卫星获得GNSS导航卫星的精密坐标、相对于UTC(k)的精密钟差以及广播星历、码伪距和载波相位观测值；低轨卫星的星载数据处理模块采用上述数据解算本地时间Ts与UTC(k)的钟差；低轨卫星的星钟控制模块根据计算的钟差控制星载原子钟，实现星载原子钟到UTC(k)的溯源。本发明能够实现可靠的高精度低轨卫星向UTC(k)的溯源。