本发明涉及新能源电能质量调控技术领域，尤其涉及一种多端口柔性变流装置及电能质量治理方法，本发明方法首先获取第一电压波形数据集以及第一电流波形数据集；然后根据所述第一电压波形数据集以及所述第一电流波形数据集，确定主电源的电压有效值、电流相位以及三相不平衡度；最后根据所述电压有效值、所述电流相位、所述三相不平衡度以及所述多端口柔性变流装置的剩余容量，调整所述多端口柔性变流装置的三相并网电流以及三相并网电流相位，以使得所述主电源的输出同时满足电压要求、功率因数要求和三相不平衡要求。本发明实施方式兼顾了功率因数和电压范围，因此，改善效果好，运行更可靠。