本发明公开了一种通过水力停留时间调节库区磷含量的方法，该方法包括：构建水库单元稳态系统箱式模型，通过计算水库单元的入库、出库和其它来水的磷元素通量，得到水库单元对磷元素的净通量；然后计算水库单元对磷元素的滞留率；同时，计算水库单元的水力停留时间；最后建立不同水期的水力停留时间与磷元素滞留率的相关性曲线，以此确定水库单元的水力停留时间调控参考值。本发明能够通过管理水库的运行方式来调节库区及下游河道的磷含量，有助于水库及下游河道的水生态健康以及水资源的可持续利用。