本发明公开了一种识别氟苯尼考的基因工程抗体及其应用，属于兽药残留分析和免疫学技术领域。所述识别氟苯尼考的基因工程抗体，其氨基酸序列如SEQ ID NO.1～7任一项所示。本发明通过建立噬菌体单链抗体库，利用噬菌体展示技术筛选获得和高亲和力的抗氟苯尼考基因工程抗体。该抗体具有优异的特异性，能够提高氟苯尼考检测的灵敏度和准确性。利用该抗体在牛奶样品检测中的回收率达到98.52％至101.22％；相对标准偏差(RSD)低于5.33％，具有极高的准确性和可靠性，对保障动物源性食品以及公共环境的安全性具有重要意义。