本发明公开了一种考虑直流电容裕量的谐波补偿方法和系统，基于确定硬件选型的有源电力滤波器及其在配电网中的点位分布，计算谐波源时变导致频率变化后的各节点的等效阻抗，建立谐波源时变下的配电网全局谐波治理多目标优化模型，采用多目标粒子群算法对进行求解，得到有源电力滤波器注入的谐波补偿电流的最佳幅值和相位。本发明提供的考虑直流电容裕量的谐波补偿方法可以有效应对配电网中各谐波源的时变性，解决了现有的配电网分布式谐波治理方式在谐波源发生变化时，可能导致有源电力滤波器的新谐波补偿指令超过直流电容裕量的问题，避免了有源电力滤波器在实际的运行因超过裕量而无法正常工作，提高了有源电力滤波器谐波治理的可靠性与稳定性。