本发明提供一种薄壳山核桃种子育苗用催芽设备及催芽方法，涉及催芽设备技术领域，包括催芽架体，催芽架体内部下方可拆卸设有催芽桶，催芽架体内部设有温控机构，催芽架体内部上方设有搅拌机构，催芽桶内设有核桃架，核桃架上下堆叠设有多个，核桃架为镂空的中空结构，上下相邻核桃架之间可拆卸联动设置，核桃架外壁与催芽桶内壁转动连接，核桃架中心位置处开设有联动槽。本发明通过搅拌轴转动联动所有核桃架缓慢转动，一方面便于对催芽桶内的液体进行搅拌，使得上下温度相同，另一方面避免搅拌叶对核桃搅拌时撞击挤压造成种子受损的情况，通过多个核桃架的堆叠，核桃放置在每个核桃架内，使得较多核桃催芽时，不会较多地进行堆叠挤压。