本发明公开了一种生物复合种衣剂及其制备方法和应用，生物复合种衣剂包括以下组分：棘孢木霉‑洋葱伯克霍尔德菌‑克劳氏芽孢杆菌混合发酵液2体积份、杀菌剂0.01～0.4体积份、杀虫剂0.05～0.2体积份、助剂6～15体积份以及成膜剂1～2体积份，其中，棘孢木霉‑洋葱伯克霍尔德菌‑克劳氏芽孢杆菌混合发酵液是通过先将木霉菌棘孢木霉TaLY2种子液接种于发酵培养基中发酵培养得到木霉菌棘孢木霉TaLY2发酵液，再将洋葱伯克霍尔德菌Bckms21‑克劳氏芽孢杆菌Bcjcm062种子液接种于木霉菌棘孢木霉TaLY2发酵液中发酵得到的。不仅降低了病原菌产生抗药性的风险，也改善了单一成分生物种衣剂见效慢、防效不稳定的难题，实现了抗病和增产的协调。