本发明提供了一种呼吸门控计算机断层成像方法及系统，属于生命科学和医学影像设备技术领域。本发明提供的方法包括以下步骤：监测呼吸信号并设定时域t1与时域t2；固定角度采集图像；改变角度并再次采集图像；图像重建：将采集得到的图像，即不同角度采集到的投影图，进行图像重建，得到重建CT影像；其中，所述时域t1为延迟时间，所述时域t2为图像采集时间。本发明还提供了一种呼吸门控计算机断层成像的系统。本呼吸门控计算机断层成像方法及系统能够成功实现对不同动物的成像，相对于传统门控方法本发明的门控准确性更好，信噪比更高，具有良好的应用前景。