本发明涉及一种聚乳酸色母粒及其制备方法和应用，聚乳酸色母粒的制备方法：将颜料、水、包覆剂混合均匀，得到中间产物I，再依次对中间产物I进行粗磨、精磨和超细磨，得到中间产物II，随后将中间产物II脱水，得到色浆，最后将色浆与聚乳酸粉料进行共混，并在共混过程中去除溶剂后，将所得混合粉料与抗水解剂混合均匀并喂入双螺杆挤出机中进行挤出造粒，即得聚乳酸色母粒，其中，聚乳酸粉料的重均相对分子量为18～19万(优选为18万)。聚乳酸色母粒的应用：使用前述制备的聚乳酸色母粒，采用母粒法制备异形细旦聚乳酸纤维。本发明制备的母粒解决了颜料易团聚、难分散的问题，使用其制备的纤维可纺性、物理性能好。