本公开提供了面向流体力学网格生成的超定矩阵方程并行方法及系统，涉及计算流体力学数值模拟技术领域，包括建立以网格顶点坐标值为未知数的超定稀疏矩阵方程；并行获取新的系数矩阵和右端项，各子矩阵矩阵乘、子矩阵子向量乘计算的任务划分策略是按照转置矩阵的行数分给各处理器；采用并行共轭梯度法求解，任务划分策略是以非零元个数作为划分的依据，各个处理器迭代并行计算当前近似解的最优方向、最优步长以及新的近似解，直至残差满足设置的迭代终止条件双检测要求，将最优解作为超定稀疏矩阵方程的网格顶点坐标值，构造出所期望的三维空间结构化网格。本公开提高了高精度应用需求的结构化网格生成能力。