本发明提供了一种基于点击化学的高效偶联Protein A的方法，包括以下步骤：S1)将缓冲液、磁性聚合物微球与Protein A混合常温反应，得到中间体；所述磁性聚合物微球具有环氧壳层；S2)将中间体用封闭液封闭后，得到偶联Protein A的微球。与现有技术相比，本发明采用具有环氧壳层的磁性聚合物微球偶联Protein A，Protein A中的巯基基团与磁性聚合物微球中的环氧基团通过化学键结合，过程简单，反应条件温和，偶联效率高。