本发明公开了一种靶向鸡去甲基化酶基因FTO的siRNA及其应用，所述siRNA的正义链的序列为5’‑CAAGAGGAACAUUGGAAUA‑3’（SEQ NO.1），反义链的序列为5’‑UAUUCCAAUGUUCCUCUUG‑3’（SEQ NO.2）。本发明提供了一种能够靶向鸡去甲基化酶基因FTO的siRNA，将其转入鸡成肌细胞后可以有效降低鸡去甲基化酶基因FTO的表达，抑制效率达50%以上，可见其敲降效率很高。本发明的siRNA通过特异性敲降鸡去甲基化酶基因FTO的表达来鉴定基因功能，可应用于优质鸡的遗传育种以及为人类疾病研究提供参考数据，具有很大的经济价值和科研价值。