本发明公开了一种基于22个cSNP遗传标记的复合检测体系及其应用，涉及分子生物技术领域，该复合检测体系包括用于扩增22个cSNP遗传标记的普通复合PCR引物混合物，其所包含的44条PCR引物序列如SEQ ID NO.1～44所示；以及用于延伸22个cSNP遗传标记的普通复合PCR产物的单碱基延伸引物混合物，其所包含的22条单碱基延伸引物序列如SEQ ID NO.45～66所示。本发明还提供了基于22个cSNP遗传标记的复合检测体系的DNA分型检测的方法，有效解决了WES样本个人识别、亲权鉴定及溯源的问题。