本发明公开一种一种花生油酸和亚油酸含量相关QTL的KASP分子标记及应用，涉及分子遗传育种技术领域，技术方案要点是：QTL定位于花生A09染色体，命名为qOA_A09_3。本发明通过花生全基因组重测序与关联作图，挖掘到了花生种仁油酸和亚油酸含量显著关联的SNP标记，并开发和提供了KASP分子标记。本发明的KASP分子标记定位的花生种仁油酸和亚油酸含量相关的QTL源于一个不同于FAD2A和FAD2B的基因FATB1，其GG/TT单倍型导致了不同的油酸、亚油酸含量表型，基于该位点设计的KASP分子标记可对花生种仁油酸和亚油酸含量进行标记辅助选择，提高育种效率，拓宽品种遗传多样性，具有广阔的应用前景。