本发明提供一种干冷器、机房空调系统及其控制方法，其中干冷器，包括：安装架，安装架内形成有容置空间；驱动风机，置于容置空间的顶部；换热器，置于容置空间内且处于驱动风机的进风侧；容置空间具有处于安装架的底部的底侧风口以及处于安装架的侧立面的侧风口，换热器与侧风口对应设置，底侧风口处设有第一风门，侧风口处设有第二风门，第一风门具有底部通风状态与底部封闭状态，第二风门具有侧面通风状态与侧面封闭状态，第一风门与第二风门能够分别被独立控制切换状态。本发明能够实现干冷器在室外环境温度较低情况下利用烟囱效应对换热器的自然散热，无需供电于驱动风机运行，节能降耗。