本发明公开了一种便携式高能激光反无人机系统，所述高能激光反无人机系统包括指挥控制分系统、ATP分系统、激光源分系统、供电分系统和包装箱分系统，其中：所述指挥控制分系统用于接收上级指令进行目标引导和跟踪打击控制；所述ATP分系统用于探测识别目标、跟踪引导目标、控制高能激光打击目标；所述激光源分系统用于输出高能激光，供系统打击无人机目标；所述供电分系统用于激光器和其他分系统的供电；所述包装箱分系统用于系统分解后的包装，便于便携搬运。本发明基于透射式光学系统视场大、小型化、轻量化的优点，应用到高能激光反无人机系统中，可降低粗跟踪结构的精度尺寸和重量，再结合风冷激光器，可以实现便携式反无人机系统。