本发明公开了一种基于测深无人船的路径规划和航行的方法及系统，包括：获取传感器采集的水下地形及生物特征；对采集到的信息进行识别和分析，并结合海面障碍及路径点的规划进行无人船的路径规划；根据路径规划结果，控制无人船进行航行，并根据对无人船的航行进行预测，对路径规划和航行控制进行调整。能够实时获取并分析水下地形和生物特征，结合海面障碍和路径点进行路径规划。可以预测某些生物是否会对无人船的航行造成影响。考虑了路径的生物因素影响、航行时间和路径长度，通过设定能量损耗的优化目标函数，可以选取能量损耗最小的路径进行航行，从而提高无人船的工作效率和续航时间。