本发明提供一种FPGA芯片中的初始化电路和初始化方法。初始化电路包括：嵌入式存储器，在所述嵌入式存储器内建的地址计数器，配置存储器，配置存储器的输入输出模块，数据通路，N个写使能信号发生器，所述数据通路用于接收数据并传送到所述输入输出模块的输入端口，所述配置存储器用于存储所述嵌入式存储器初始化所需数据的区域包括从第1个到第N个区域，所述配置存储器还包括第N+1个区域。所述嵌入式存储器用于基于第1个到第N+1个区域存储的数据以及所述地址计数器和所述写使能信号发生器的输出的数据进行动作。如此，可以实现利用配置存储器的空间来平衡嵌入存储器EMB初始化写入速度和面积比例。减少对配置存储器访问额外的码流设置时间。