本发明公开了一种祛痘组合物及其制备方法，包括以下组分：共插层高岭土10份、保湿剂4~15份、润肤剂8~15份、乳化剂2~5份、功能多肽0.5~1.5份、水50~100份；所述功能多肽为棕榈酰三肽‑1、棕榈酰四肽‑7的一种或组合；所述共插层高岭土为尿囊素与苹果酸共插层高岭土，其中尿囊素的插层率为55~68%，苹果酸的插层率为60~70%；本发明制备得到尿囊素与苹果酸共插层高岭土，其作为填料的同时吸收皮肤分泌物，对插层客体进行交换，使得尿囊素和苹果酸能够缓慢释放，减少对皮肤的刺激性，同时延长活性物质的作用时间，保持了皮肤的干爽。