本发明涉及一种高桩码头水下桩帽钢吊箱施工方法，灌注桩施工完成后依次进行拆除钢平台、清淤、安装支撑平台、吊装预制底板、吊装钢吊箱，而在安装钢吊箱之后，先利用下放系统提升整个钢吊箱，之后逐步拆除支撑平台与施工人员通道，下放整个钢吊箱，将钢吊箱整体受力由下放系统受力依次转换为拉压杆受力、剪力板受力，之后依次安装锚固梁、锚固靠船构件、浇筑桩帽混凝土、绑扎立柱钢筋、浇筑混凝土，使得码头结构施工快速出水，大大加快了施工进度，从根本上提高了高桩码头施工效率，减小工期延误、成本浪费的风险；以解决现有技术中内河库区高桩码头水下桩帽无法采用常规技术手段中设置牛腿、钢抱箍及底模支撑体系施工的技术问题。