本发明涉及一种同态压缩数据处理方法和系统，包括以下步骤：对定义的各同态压缩方案进行收集验证后，存储在存储库；在用户输入数据后，根据预设规则在存储库中选择相应的同态压缩方案对输入数据进行数据压缩；在收到用户的数据请求处理后，基于用户指定的压缩数据和选择的同态压缩方案生成直接处理压缩数据的可执行文件，对压缩数据进行直接处理。本发明提出的同态压缩数据管理系统实现了底层压缩算法与上层应用的解耦合，通过同态计算编译器将应用层未压缩数据处理代码转换成适应底层压缩算法的同态操作，降低了系统部署的复杂度和成本，可以广泛应用于大数据处理领域。