本发明公开了一种电磁式电能质量统一控制器工作模式切换方法和系统，电磁式电能质量统一控制器包括串联电抗器、第一开关、第二开关、压敏电感和滤波器，串联电抗器与第一开关并联后串联在三相交流输入侧，压敏电感和滤波器并联后，与第二开关构成并联支路，并联支路并联在三相交流输出侧，三相交流输出侧与负荷连接，该方法包括：获取控制器的工作温度、并联支路电流、负荷电压和负荷电流；确定控制器的当前工作模式；根据当前工作模式、工作温度、并联支路电流、负荷电压和负荷电流确定控制器的下一工作模式，并实现控制器工作模式切换。本发明能够在保证输出电压合格的同时，降低系统功耗。