本发明涉及一种混流式水轮机水体共振故障判别方法和系统，该方法包括特征量数据采集与异常识别、基础参数获取、引水管路和导叶后环形水体固有频率计算、采集并计算异常振动及压力脉动频率、引水管路和导叶后环形水体固有频率与异常振动及压力脉动频率对比、水体共振故障判别。本发明用于数据分析人员判断甄别异常压力脉动、振动是否由水体共振引起，以便研究消除或控制水体共振及其影响的途径和措施。同时，本发明方法具有操作简单、通用性强的特点，易于推广应用。