本申请提供一种在复杂跨界水体中确定或筛选重污染区域的方法。所述方法包括：从目标流域跨界区中，获取目标区域的区域河流信息；其中，目标流域跨界区设有多个控制断面；根据区域河流信息，采用二维稳态水质模型，模拟目标区域存在内部污染源排放时的各个控制断面的第一污染物浓度值，以及目标区域不存在内部污染源排放时的各个控制断面的第二污染物浓度值；根据各个控制断面的第一污染物浓度值和第二污染物浓度值，确定各个控制断面的内部污染权重；根据各个控制断面的内部污染权重和预设的权重阈值以及涉及的行政区的边界，从目标流域跨界区中，确定重污染流域跨界区。本申请可以准确确定内污染占比高的流域跨界区。