本公开涉及一种基于动态规划和量子退火的RNA结构预测方法及系统，该方法包括：获取目标氨基酸序列的单字母表示序列；将单字母表示序列输入隐马尔可夫模块，得到目标密码子组合；将目标密码子组合输入动态规划模块，选取密码子组合片段；密码子组合片段不包含终止密码子时，计算出密码子组合初选片段，调用优化器对密码子子结构进行打分，保存具有最高打分的密码子子结构的密码子组合片段；包含终止密码子时，输出最优RNA二级结构的完整密码子组合为第一候选密码子组合；将目标密码子组合的哈密顿量输入量子退火模块得到第二候选密码子组合；从第一候选密码子组合及第二候选密码子组合选出最优RNA二级结构的密码子组合。