本发明开了一种基于驼乳粉生产用的除菌发酵装置，包括除菌罐和发酵罐，除菌罐顶部连通有进料管，发酵罐底部连通有出料管，所述发酵罐顶部向上开设有通口，所述除菌罐底部贯穿发酵罐的顶部通口并焊接在发酵罐顶部通口内壁；所述除菌罐的底部固定连接有凸台，涉及驼乳杀菌发酵工艺技术领域。本发明将除菌罐和发酵罐焊接在一起形成一体结构，并通过调节组件调节驱动机构在凸台的内部的高度，使驱动机构能够带动第一齿轮或者第二齿轮转动，从而能够带动第一转杆和第二转杆转动，从而能够分别带动第一搅拌架结构和第二搅拌架结构分别对除菌罐和发酵罐内进行搅拌，实现对驼乳的杀菌设备和消毒设备一体化，极大的降低了对驼乳加工的成本。