本发明公开了一种高稀土掺杂低损耗含硼玻璃光纤的制备方法，其步骤为：称取包含稀土氧化物和氧化硼的玻璃原料，均匀混合后放置于高温炉中，先在高纯氮气气氛条件下进行加热，然后切换成高纯氧气气氛或高纯空气气氛继续加热，获得的玻璃液经冷却退火后得到大块玻璃；将玻璃加工成预制棒，放入光纤拉制炉中，在高纯氧气气氛下进行拉纤操作，实现高稀土掺杂低损耗玻璃光纤的制备。本发明既消除了含硼玻璃光纤中由硼导致在近红外区域的附加玻璃基质吸收，也转换了过渡金属杂质离子从在近红外区域有宽广吸收的低价态，至在近红外区域有窄低吸收的高价态。这二方面均显著降低了含硼玻璃光纤的基质吸收，为高稀土掺杂低损耗玻璃光纤的应用提供了可能性。