本发明公开了一种适应基坑变形的排水系统及其施工方法，包括：沿基坑的周向方向间隔设置的多个集水井，设置于基坑的围护结构的外侧，至少一集水井连接有市政排水管网；多根弹性圆管，敷设于基坑的坑口的外侧的地基中，其两端分别连接于相邻的两集水井，其顶部管壁形成贯通的缺口，缺口的相对两侧分别形成有翼缘板，翼缘板可拆卸地安装于地基上；清淤机构，包括导轨和刮底板，导轨铺设于地基上，导轨沿多根弹性圆管的长度方向设置一圈，刮底板设置于集水井内，刮底板的上部伸至集水井的外部且连接有转接件，转接件滑设于导轨，导轨上安装有用于驱动转接件的驱动件。本发明解决了目前基坑排水系统的临时排水沟易受到挤压变形而导致基坑渗水的问题。