本申请涉及一种多联机空调系统的低碳运行控制方法和装置，包括根据获取到的降温调控优先级权重值、升温调控优先级权重值、电价权重值、碳排放信号在多联机空调系统中的权重值、实时电价和电力碳排放责任因子值，得到受控空间的设定温度值；采集受控空间的实际温度值，根据实际温度值和设定温度值，调节多联机空调系统的运行功率，以使得受控空间的实际温度值达到设定温度值。本申请实现了自动对多联机空调系统中的受控室内设定温度进行调控，控制多联机空调系统的输出功率，解决多联机空调系统运行时无法兼顾降低能耗和减少碳排放的技术问题。本申请还涉及一种多联机空调系统的低碳运行控制设备和存储介质。