本发明提供了一种基于数字仿真的测量不确定度评定方法及系统，包括：分析测量对象、测量原理、测量链、测量环境以及原始测量数据与测量对象参数之间的换算关系；从测量原理、测量链、测量环境以及原始测量数据与测量对象参数之间的换算关系中确定测量不确定度来源及分布情况；根据测量不确定度来源及分布情况生成不确定来源样本子集；根据测量链建立测量仿真模型；在测量仿真模型的基础上，随机调用不确定来源样本子集进行至少106次蒙特卡洛数值模拟试验，获得标准测量不确定度样本集合；根据标准测量不确定度样本集合计算获取标准测量不确定度。应用本发明的技术方案，以解决现有技术中无法对复杂测量系统进行较准确测量不确定度评定的技术问题。