本申请公开了一种生物样品处理装置、生物检测系统及其控制方法。生物样品处理装置包括样品处理构件、分隔材料、转运件和复数颗导磁件，样品处理构件包括连通通道和多个样品处理腔，多个样品处理腔间隔设置，连通通道连通多个样品处理腔；分隔材料至少收容于连通通道内，以分隔各样品处理腔；复数颗导磁件收容于样品处理腔或连通通道内，导磁件用于吸附待处理样品；转运件收容于连通通道和/或样品处理腔内，转运件用于在磁场的作用下，磁性吸附复数颗导磁件并带动复数颗导磁件在分隔材料内移动，转运件的尺寸大于导磁件的尺寸。根据本申请实施例，生物样品处理装置检测准确性高。