本发明公开了一种基于磁元件的量子化电流横向发射度校正方法及系统。该方法包括：通过所述电流量子化过程中的电子束能量以及由含有两对极头的磁元件所具有的固有属性和通电电流决定的磁场梯度来确定磁元件的聚焦强度；通过改变所述电流量子化传输途径中磁元件中所通过的电流进而改变聚焦强度，获得不同聚焦强度下的束斑图像和尺寸信息；考虑不同因素对电流量子化过程中的电子束横向尺寸造成的影响，将所述不同聚焦强度下的束斑尺寸进行抛物线拟合，求解得到电流量子化过程中的电子束横向发射度参数；将所述测量得到的量子化电流的横向发射度和所述参考量子化电流的横向发射度进行比较，根据比较结果来校正所述待测量子化电流的横向发射度。