本发明公开了一种异构数据差异对比更新方法及系统包括，根据基于领域驱动设计的规范定义数据模型以及数据模型的关联关系；获取目标领域相关异构数据，并根据数据模型以及数据模型的关联关系对目标领域相关异构数据进行格式规范处理；将格式规范处理后数据与预存在数据库中的数据进行对比，获取数据差异，并更新数据库中存在差异的数据。根据领域驱动设计数据模型的配置进行数据差异对比，并将对比结果进行最小化提交到数据库存储，使数据更新更加高效存储到结构化数据库，为数据的集中存储提供更快捷稳定的支持。