本发明公开了基于特征系统实现算法的次同步振荡参数辨识方法及系统，涉及电力系统广域监测和次同步振荡技术领域，其技术方案要点是：构造实数域Hankel矩阵，基于实数域Hankel矩阵构建实数域系统矩阵并求解系统矩阵的特征值，求得的特征值可以满足基波分量两种模态的角频率共轭约束，以及振荡分量两种模态的角频率共轭约束，此外，根据同步相量的数据序列的实部构造实部Hankel矩阵，根据同步相量的数据序列的虚部构造虚部Hankel矩阵；将实部Hankel矩阵与虚部Hankel矩阵拼接，得到实数域Hankel矩阵，能够完整保留复数域同步相量的信息，可以在超短数据窗下准确辨识次同步振荡参数。