本发明公开一种基于量子密码设备的文件系统流加解密方法及系统，方法包括接收文件访问操作请求；根据目标文件的inode值从量子密码设备获取目标文件对应的索引号；将目标文件及对应的索引号传递至量子密码设备，以使量子密码设备基于索引号查询流密钥块表获取密钥流或基于索引号查询密钥键值获取加密密钥；接收量子密码设备返回的文件操作结果，文件操作结果为量子密码设备基于密钥流或加密密钥对目标文件进行加密运算或解密运算得到；本发明可实现更高强度的文件加密保护，且提升反破解能力。