本发明涉及数字数据处理技术领域，提出了一种高通量全自动材料快速评价分析软件数据处理方法，包括：获取实验参照数据库中所有材料的实验数据；基于色谱图数据以及质谱图数据的降维结果构建数据检索空间，根据数据检索空间中两个数据点对应实验数据之间的相似性确定实验条件相似距离；基于每个数据点所取近邻检索空间内数据点之间的实验条件相似距离确定实验条件相似密度；基于实验条件相似密度以及每个聚类簇中数据点之间的实验条件相似程度确定簇内代表指数；根据簇内代表指数确定初始聚类中心，采用迭代自组织聚类算法基于初始聚类中心得到高通量全自动材料的检索结果。本发明通过增大材料合成原料之间的区分度，提高了材料数据检索的精度。