本发明提供一种可有效分离粪污的鱼虾工厂化梯度养殖设施和方法，属于养殖设施技术领域，其包括养殖单元，养殖单元包括梯度设置的高水位流水养殖池、低水位流水养殖池，高水位流水养殖池的外围设置有水处理池，水处理池包括过滤槽和菌藻净化槽，过滤槽设置有弧形过滤筛，弧形过滤筛的上方设置有过滤腔，过滤腔通过两个水回收模块分别与高水位流水养殖池、低水位流水养殖池连通；弧形过滤筛的下方设置为储水腔，储水腔通过底部连通孔和直流泵与菌藻净化槽连通；菌藻净化槽通过顶部溢流孔与低水位流水养殖池连通。本发明能够通过养殖品种多元化、养殖水体重复利用、实施尾水综合利用实现鱼虾工厂化养殖模式的提质、降本、增效，降低养殖病害发生率。