本发明提出了一种生物活性物质提取控制方法与系统。所述生物活性物质提取控制方法包括：提取当前生物活性物质的目标溶液所对应的超声振动容器的整体表面积和装盛信息；根据所述超声振动容器的整体表面积和装盛信息确定生物活性物质的超声振动频率上限值和振动策略；按照所述超声振动频率范围和振动策略控制超声振动容器对目标溶液进行超声振动并获取带有生物活性物质的混合液。所述系统包括与所述方法步骤对应的模块。通过根据容器的表面积和装盛信息确定超声振动的参数，可以更加准确地控制超声波的作用范围和强度，从而提高生物活性物质的提取效率。