本发明涉及一种来自油基钻井岩屑的微生物菌株、复合微生物菌剂及其制备方法和应用，所述微生物菌株分别为乙酸钙不动杆菌(Acinetobacter calcoaceticus)、副短短芽胞杆菌(Brevibacillus parabrevis)和巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)，其应用为在石油污染物降解中的应用，尤其是用于油基钻井岩屑中油组分的降解。本发明的微生物菌株、复合微生物菌剂具有除油效率高、处理周期短的显著优势。