本发明公开了水、二氧化碳射流与超声波的集矿兼碳封存系统及方法，涉及深海结壳型矿石开采技术领域。水、二氧化碳射流与超声波的集矿兼碳封存系统包括采矿车以及安装在所述采矿车上的控制系统、射流系统、超声波发射系统以及集矿分矿系统，所述射流系统包括水射流装置和二氧化碳射流装置，所述水射流装置、二氧化碳射流装置通过射流管与喷射装置连接，所述采矿前侧设置有半封闭导流罩，所述喷射装置位于所述半封闭导流罩的下方，所述集矿分矿系统用于将结壳型矿石输送至海面。本发明通过水射流与二氧化碳射流之间相互切换使结壳型矿石产生裂隙，同时与剥离超声波发射器将结壳型矿石从基岩上剥离，有利于节省二氧化碳的使用，提高开采效率。