本发明公开了一种基于多波束测深的三维地形建模方法及系统，包括：对有多波束测深装置的无人船的航行路径进行约束；通过所述多波束测深装置采集水下数据；对采集到的数据进行细分处理并提取轮廓线；将相邻轮廓线之间进行填充，从而实现三维地形建模。准确的水下地形数据可以确保设施的安全铺设，减少故障和维护成本。能够自主完成测量任务，只需人员携带设备到达现场即可进行测量，节省了大量人力物力成本，通过精确测量，可以减少工程施工过程中因为地形不准确而引起的风险。可迅速获取水下地形数据，可在有水条件下完成测量任务，从数据采集到分析能够很快完成，使得效率提升。