本发明公开了一种基于二代测序数据对HLA‑DRB基因进行分型的方法及应用。所述方法包括：测序数据质控，初步分型和校正分型；所述数据质控包括测序reads统计和目标区域统计；所述初步分型包括构建参考基因组，reads比对和权重打分，HLA‑DRB基因拷贝数评估，单个等位基因的筛选和等位基因对的筛选；所述校正分型包括组装consensus序列，序列比对，校正分型结果和提示变异；所述HLA‑DRB基因包括HLA‑DRB3基因、HLA‑DRB4基因和HLA‑DRB5基因中的任意一种或至少两种的组合。本发明能够准确判断包括DRB3/4/5在内的15个基因的拷贝数，与已知分型结果100％一致，再结合等位基因对的打分和筛选规则，DRB3/4/5六位分型结果的准确率分别从85％，98％，96％提升至100％。