本发明公开了一种基于三向APS码协商的小颗粒双归保护倒换方法及系统，涉及通信小颗粒业务的保护倒换技术领域。该方法的步骤包括：同组内的双归主节点和双归备节点通过DNI信令报文进行通信，双归节点与非同组内的节点通过APS码进行通信；DNI信令报文和APS码均用于：将本端的路径状态信息和倒换信息告知对端，根据DNI和/或APS码进行保护倒换。本发明基于小颗粒业务的特点，提出了双归节点间DNI报文中相关字段的定义，在此基础上提出了基于三个方向APS码协商的小颗粒双归保护方案，该方案根据故障节点进行针对性倒换，不仅满足了小颗粒跨域业务保护需求，不需要进行任一处故障两端都要倒换的操作，而且能够提高排查效率。