本发明公开了一种用于防治烟草病害的纳米凝胶制剂的制备方法，具体包括以下步骤：(1)制备地衣芽孢杆菌菌液；(2)制备纳米硒沉淀；(3)制备纯化纳米硒颗粒；(4)制备链霉素‑纳米硒固体；(5)制备纳米二氧化钛光半导体溶胶；(6)将低熔点琼脂糖粉末、链霉素‑纳米硒固体和纳米二氧化钛光半导体溶胶混合，离心，洗涤，干燥，即得。本发明纳米凝胶制剂具有显著的抑菌功效，可以有效防治烟草病害(尤其是烟草青枯病和烟草野火病)，对烟草生长具有促进作用，且制作简单，粘附性强，对土壤环境无污染。