本发明涉及自动纯化技术领域，尤其涉及一种甲基叔丁基醚的自动纯化装置，包括，制备模块、检测模块、用以根据对应的第二流量计和第一流量计记录的数据确定单个制备机构的运行参数是否符合预设标准，在初步判定单个制备机构的运行参数不符合预设标准时，根据各制备机构的第二流量计和第一流量计记录的数据对单个制备机构的运行参数是否符合预设标准进行二次判定，以根据判定结果对反应釜的水解时长或第一活性炭吸附柱的输入溶液的流速进行调节的中央处理模块，以及，警报模块，有效提高了甲基叔丁基醚的生产效率。