一种穿越多年冻土区路基基底处治结构，包括钢波纹板开挖支护系统、基底换填层、封闭层、XPS保温隔热板、路基填筑层、坡脚排水沟、地下测温系统以及挡水埝。钢波纹板开挖支护系统包括钢立柱和钢波纹板；基底换填层采用天然砂砾进行换填；封闭层采用黏土封闭；XPS保温隔热板设置两层；地下测温系统采用地下专用温度传感器；坡脚排水沟铺设水泥毯；在钢波纹板支护外侧原地表培筑挡土埝，拦截地表水进入路基范围内。还涉及施工方法。本发明能有效阻止热能量向冻土的传递，维持冻土内部的温度稳定，防止地表水进入冻土内部，能有效防治多年冻土地区的路基冻胀、融沉等病害，提高路基稳定性与耐久性，延长道路在多年冻土区的使用寿命。